Erstmals 1082 als Pfarre urkundlich erwähnt, ergingen die Patronatsrechte 1113 an das Benediktinerstift Melk. 1120 wurde Traiskirchen zur Mutterpfarre des westlichen Wiener Beckens. Während der zweiten Türkenbelagerung 1683 kam es zu einer weitgehenden Zerstörung der Wehrkirchenanlage.
Der barocke Kirchenbau entstand 1753-1755 nach Plänen von Matthias Gerl (1712-1755). Am 12. Juni 1774 wurde die Kirche zu Ehren der Hl. Margaretha durch Fürsterzbischof Christoph Anton Kardinal Migazzi geweiht.